일찍이 수많은 요인을 암살하고 '불길함'의 상징으로 어둠의 세계에 군림하던 전설의 암살자 트레인 하트네트. 이름하여 '블랙캣'. 그는 크로노스를 배신하고 처형되었다고 알려져 있지만 자유로운 들고양이가 되어 현상금 헌터로 살아가고 있었다. 2년이 지난 어느날 크리드가 크로노스를 없애기 위한 혁명을 일으키자며 별의 사도를 이끌로 트레인 앞에 나타난다.

트레인에게 집착하던 크리드는 트레인의 파트너 스벤을 죽이기 위해 '루시퍼'를 쏘지만 트레인은 스벤을 구하기 위해 몸을 날려 총탄을 맞고 그 때문에 몸이 작아지게 된다. 조사결과 몸을 원래대로 되돌리기 위해서는 최고의 생체병기 이브를 만든 티어유 박사를 찾아가야 한다. 한편 별의 사도를 탈퇴한 쿄코를 크로노스의 무력 정예부대 '시간의 파수꾼'의 추적자로부터 지키려고 결심한 트레인. 쿄코를 무사히 지킬 수는 있었지만 그 작은 몸으로는 하디스를 다루기에 한계가 있었다.