호카게를 뛰어넘는다는 당돌한 포부를 가지고 있는 말썽꾸러기 예비 닌자 나루토. 포부와는 달리 성적은 밑바닥이고 사람들로부터 외면까지 당하고 있다. 마을 사람들이 나루토를 외면하는 이유는 그가 나뭇잎 마을을 멸망시킬 뻔했던 구미호의 자식이기 때문. 뒤늦게 이 사실을 알게 된 나루토는 혼란을 겪지만 이루카 선생님 덕분에 가까스로 마음을 바로 잡게 된다.

하위 닌자로서의 수업을 시작한 나루토는 우치하 일족인 사스케를 짝사랑하는 사쿠라와 함께 카피닌자 카가시에게 수업을 받게 된다. 하지만 나루토 일행은 시작부터 삐걱거리기만 하는데…. 나루토는 과연 호카게를 뛰어넘는 닌자가 될 수 있을까? 기존의 닌자 만화와는 달리 환타지적 요소를 가미하여 전반적으로 분위기가 경쾌하고, 액션과 술법 장면 역시 박진감이 넘친다. 무한한 잠재력을 가진 세 꼬마 닌자의 성장과정을 지켜보는 것이 무척 흥미롭다.